(1) รับผิดชอบงานธุรการของคณะกรรมการลุ่มน้ำและคณะอนุกรรมการที่เกี่ยวข้อง

(2) ศึกษา วิเคราะห์ และวิจัยเกี่ยวกับทรัพยากรน้ำเพื่อใช้ประกอบการพิจารณาจัดทำแผนแม่บทการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู และการอนุรักษ์ทรัพยากรน้ำในเขตลุ่มน้ำ

(3) ประสานงานกับหน่วยงานของรัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น และองค์กรผู้ใช้น้าในการบังคับใช้กฎหมายที่เกี่ยวกับการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู

และการอนุรักษ์ทรัพยากรน้า และกฎหมายที่เกี่ยวกับการควบคุมมลพิษทางน้ำในเขตลุ่มน้าเพื่อให้เป็นไปตามแผนแม่บทการใช้ การพัฒนา การบริหารจัดการ การบำรุงรักษา การฟื้นฟู และการอนุรักษ์ทรัพยากรน้ำในเขตลุ่มน้า

(4) กลั่นกรองและเสนอความเห็นต่อคณะกรรมการลุ่มน้ำเกี่ยวกับการอนุญาตการใช้น้ำและการเพิกถอนใบอนุญาตการใช้น้าประเภทที่สอง

(5) ส่งเสริมและติดตามการใช้น้ำประเภทที่สองในเขตลุ่มน้าให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์ และเงื่อนไขที่ได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการลุ่มน้ำ

(6) เสนอมาตรการป้องกันการขัดแย้งและแนวทางการไกล่เกลี่ยข้อพิพาทระหว่างผู้ใช้น้ำในเขตลุ่มน้ำต่อคณะกรรมการลุ่มน้ำ

(7 )ปฏิบัติงานอื่นตามที่เลขาธิการมอบหมาย